然而等到次日，沈虔子却不敢轻举妄动，只因桓玄已经下令全城已经戒严，更将收捕到的王元德，辛扈兴，童厚之等人斩首于市，以儆效尤。对沈虔子来说，唯一的好消息就是被杀的人当中没有王仲德和自己的哥哥沈林子，看来他们并未被官兵抓住。
　　桓玄这边，自从闻听刘裕起兵的消息以后一直忧心忡忡，只因想不出什么好的对策。前方的军报一封封雪片似的飞进宫中，其中有好消息，比如历阳的诸葛长民事败，已被刺史刁逵捉住；但更多的却是坏消息。
　　“陛下，请赶快拿个主意吧。据报那刘裕已被人推为盟主，更号召徐、兖二州的壮丁响应，大军昨日已至竹里，眼看就要兵临城下了。”殿下卞范之正催促道。
　　“陛下，请许臣带兵出战！”上前禀奏的正是桓谦，只见他咬牙切齿道，“那刘裕着实可恶，杀我兄弟桓修与桓弘，臣定要为他们报仇。”
　　“不妥。”不料桓玄听了却不答应，皱皱眉道：“对方现在正锐不可当，计出万死。只用水军又不足以抗衡；一旦出了什么差错，则对方势必成功，而我方则会大势已去。倒不如屯兵覆舟山（今江苏省南京市玄武区九华山）下，以逸待劳。他们跑了两百里路过来，一仗没打，锐气就会减弱，等到了这边再看见我们的大军，必然惊惧骇愕；而我则案兵固守，不与之交锋，他求战不得，自然就会散走，这才是取胜之计啊。”
　　“陛下为何如此示弱于人？”桓谦哪里肯听，“那刘裕才刚刚起事，不过两千不到的人马，而我们手上的人足有他们十倍之多。而陛下却只思防守，畏缩不前，如此只会让世人笑话，说陛下让那刘裕给吓破了胆。”
　　“新安王差矣，那刘裕手上的人虽少，却都是北府老兵，而他们的战力之强，世人皆知，所以如今朕先让他一阵，等其锐气尽锉，再将其歼灭才更稳妥。”桓玄还是不肯答应。
　　“不然，陛下！那北府兵厉害，我们荆州兵就差了吗？他们这么多年来随着陛下一起出生入死，士兵们还不是个个如狼似虎，将领们也都勇猛善战，如此虎狼之师，怕他什么刘裕。所以依臣之见，这仗一定要打，而且不光要打，还要发兵急击！”桓谦依然坚持己见，与桓玄争执不下。
　　“卞爱卿，那依你看，当战当守？”桓玄终于架不住桓谦一再劝说，只好去问谋士卞范之。
　　“在我看来，陛下的方案更加稳妥，但新安王说的也有道理，毕竟不好示弱于人，那样会折了我军锐气，所以……所以不如分出一支精锐，先行北上迎击刘裕如何？”卞范之左右为难，两边都不好得罪，结果提出了一套折中的方案。
　　“这个办法倒是可行。”桓玄闻言，微微沉吟了一下，又看了看桓谦，终于下决定道，“就这么办，至于带队的人选——新安王你是不能动的，朕还要仰仗你统帅大军拱卫京师——就令右卫将军皇甫敷与顿丘太守吴甫之同去好了。”
　　“陛下，恕微臣直言，这二人选得不妥。”卞范之闻言忙奏道。
　　“哦？此二人皆我军中头号猛将，让他们带队有何不妥？”桓玄问道。
　　“臣听说那二人一向不合，尤其是吴甫之，一直不服自己排在皇甫敷之下，所以相互之间颇有嫌隙，只怕不能好好协同。”卞范之答道。
　　“哦，是这样啊，此事朕也略有耳闻，但这其实是件好事嘛。两员猛将，互不服气，两相竞争，这才会努力杀敌，奋勇争先嘛。”桓玄却不以为然。
　　“陛下！”卞范之还要再说，桓玄却道：“爱卿不必说了，朕意已决，就这么定了，你们速速下去照办便是。”说完一摆手示意退朝，便已转身离去。
　　桓玄回到宫中，虽然听闻各军已经陆续出发，却还是惊慌，以手指不断的敲击着摆在一旁的珊瑚，心中彷徨不定。
　　旁边伺候的宦官看见，便上前劝慰道：“刘裕等人力量弱小，不过是群乌合之众，哪里能成得了气候，陛下又何必多虑！”
　　桓玄听了，却摇头道：“你懂什么，那刘裕乃是当世英雄；跟着他的刘毅是个家无余财，赌博时却敢豪掷百万的人；何无忌为刘牢之的外甥，酷似其舅。他们联合起来共举大事，怎能说不会成功呢？”说罢，回忆起自己先前不听从妻子刘氏的劝告，不禁怅然不已。
　　然而事情的发展却让桓玄更加后悔，他昨天才发的大军，今天便已收到败报，而且还是两封。原来那吴甫之因为贪功冒进，没有按照计划行军，而是抢先一步来到江乘（今江苏省南京市栖霞区），想要干掉刘裕，结果却被刘裕干掉不说，还拉了一万楚军为他陪葬。
　　那皇甫敷倒是更加稳重，听到吴甫之阵亡的消息，便在罗落桥（今江苏省南京市东北）布阵，迎击刘裕。刘裕虽然率军轮番冲击，甚至几度撕开皇甫敷防线，但荆州兵到底顽强，死战不退，一直杀到黄昏时分，更一度包围刘裕，眼看就要成功。却不料皇甫敷被人一箭射中额头，众人一见主帅落马，纷纷作鸟兽散，于是刘裕便在三月一日这天连获两场大捷，跟着就把军队压到了建康城下。
　　桓玄听说二将战死，大惊失色，一时不知所措，竟招来术士作法占卜凶吉，又问群臣道：“朕难道就此亡了吗？”众人哪敢出声，只有曹靖之对道：“民怨神怒，臣实在是寒心。”桓玄便道：“那你们之前为何不谏？”曹靖之又对道：“辇下君子都说是时逢尧舜，臣怎敢多言？”桓玄无话可说，只好长叹几声。随后令桓谦与卞范之共领两万人马，分驻在城北覆舟山的东西两面御敌。
　　三月二日，刘裕兵至覆舟山以东，他先让军士饱餐一顿，然后便将余粮全部丢弃，以示破釜沉舟之决心。又派老弱残兵登高张旗，以作疑兵。桓玄见了果然中计，畏惧刘裕兵众，明里调武卫将军庾赜之带精兵出援各军，暗中却让殷仲文至石头城预备船只，以防苗头不对，方便自己逃走时用。
　　刘裕那边则将兵士分成数个小队，与刘毅二人俱身先士卒，带头向桓谦大营杀奔过去，将士们见状也个个奋勇难当。而桓谦这边军中却多有兵士为北府兵出身，素来畏伏刘裕，面对他没有战意不说，甚至倒戈相向。恰巧此时又有大风从东北方吹来，刘裕便立刻纵起火来，于是火借风势，风助火威，烧得桓谦那是焦头烂额，哪里还敢恋战，自然是大败而归。
　　桓玄此时还站在皇城上向北观望，只听覆舟山那边喊杀之声响彻天际，正在担心之时，就有传令送来败报。桓玄听完惊恐，再抬头看时，只见城中已有房舍起火，惊疑不止：“难不成刘裕打的这么凶，已经杀入城中了？又或是城中还有叛党里应外合？”
　　那桓玄本就已萌生去意，如今一见情势紧张，再也无暇多想，忙召集亲眷，带着子侄及一众亲信便要出逃。一行人刚上大街，就见四处都是乱哄哄的，百姓胡乱奔走，周围浓烟滚滚，哪里都有着火的房屋，不由心中更是慌张，匆匆忙忙的出了南掖门。连参军胡藩的谏阻也无暇回答，只将马鞭向天一指，就已策马西逃。
　　桓玄逃到石头城，还好船只已经准备就绪，于是立即登船逃走。奈何他们走的匆忙，船中未曾备有粮食，结果整日都没的进食，把个桓玄饿的饥肠辘辘，直等到船走出了百里开外，才有随行人员上岸，弄到了些糙米饭献上。桓玄向来锦衣玉食，哪里吃得下这个，虽然勉强吃了两口，终究难以下咽，怀中幼子桓生看见，为之抚胸，此举更令桓玄涕泪具下，心中酸楚。他自去岁登基，至今日逃离健康，在那皇位之上，仅仅才坐了八十天之久。