杜杲虽然被理宗皇帝任命为吏部尚书，但并没有让他行使吏部尚书的任何权利，而是让他以宝文阁学士官衔致仕，逝后又追赠开府仪同三司。
　　钓鱼城大战后的十几年，蒙古皇帝忽必烈发誓要为长兄蒙哥报仇雪恨，誓杀宋理宗，血洗钓鱼城。宋理宗听后，吓得要死，怕得要命，连忙召见武将孟珙，可孟珙却说，钓鱼城之战并非是我孟珙指挥有方，而是他杜杲临死前精心设计和安排的结果，宋理宗一听，顿时气得晕倒在地。
　　经过太医的一番诊治，理宗皇帝慢慢苏醒过来，身旁的丞相贾似道建议：让杜庶交出兵书，只有《松经》方可抵御蒙古的侵略，可令宋理宗和贾似道意想不到的是，杜庶不但交不出兵书《松经》，还一再推脱自己根本不懂兵书的秘密，理宗一气之下，将杜庶关进监狱，杜庶恨悔交加，没过多久便死在了监狱，其妻邢玫得知杜庶死在监狱，也毅然自杀，追夫离世。
　　见杜庶惨死监狱，静宁公主难过地流下了热泪，她知道舅舅和杲为了父皇收领养子一事隔阂不小，但他万万想不到的是，杜杲的儿子杜庶会死在舅舅的手上。她冲进皇宫质问父亲后又大骂贾似道陷害忠臣，居心险恶，不得好死。
　　其实杜庶压根儿没有说谎，父亲并不同意儿子学兵书《松经》，况且《松经》不是人人能够学会的，而更要命的还是父亲去世后不久的一日夏夜，富屯溪洪水猛涨，竟然将城关上码头藏有兵书《松经》的大樟树连根拔起给冲走了，杜庶得知后，气得当场吐血，兴好是叔父杜民懂些医术，否则，杜庶性命不保。
　　此后杜庶整日精神恍惚，恨自己没有完成师傅雷道子的重托，悔自己一根筋，从没想把兵书挪一挪。
　　且说，全真教在蒙哥为皇时一落千长。
　　1251－1252年间，蒙哥任命了一位道教首领和佛教国师作他的贴身随从，前者是李志常道士，后者是来自西土的那摩喇嘛。其初，李志常最得蒙哥皇帝的恩宠。
　　1255年，蒙哥出席了在和林举行的佛教僧侣那摩和一些道士展开的辩论会。1256年，在和林的宫中举行了一次佛教会议。他对手下官员说：“一切宗教犹如手的五指。”对佛教徒，却是这样说：“佛门如掌，余皆如指。”确实，在保持道士与佛教徒之间的平衡之后，蒙哥倾向了佛教，特别是在1255年辩论会之后，道士们被指控传布伪经，歪曲佛教起源。全真道士和佛教僧侣的那场辩论，彻底改变了李志常在蒙哥心中的位置。使全真教一落千丈，滑向了深渊、跌入了低谷，这是邱处机、尹志平等人生前是怎么也不会想不到的结果。
　　蒙古皇帝蒙哥1259年，带兵攻打四川钓鱼城时，中宋军炮石而死，终年52岁。1259年11月，拖雷的幼子阿里不哥在宗王等大多数蒙古正统派的支持下，于蒙古帝国首都和林通过“忽里勒台”大会即帝位。与此同时，忽必烈与南宋议和后返回了开平府。
　　回到开平府后，忽必烈在汉人地主阶级及部分蒙古宗王的支持下称帝；4月，忽必烈设立中书省，总管国家政务；5月，忽必烈颁布《即位诏》法令，并建元中统。引起了阿里不哥和蒙古正统派的强烈不满，阿里不哥与忽必烈随即展开了四年的帝位战争。1264年阿里不哥战败，忽必烈夺得蒙古的最高统治权。
　　忽必烈推行的“行汉法”主张，明显违背了蒙古传统，造成了许多蒙古贵族的不满，他们拒绝归附忽必烈，结果导致蒙古国的内乱。
　　阿里不哥作为幼子，却成为蒙古汗国本土上的统治者，并在蒙古都城和林扎营。作为蒙古地区的统治者，他准备在蒙古召开库里勒台，以确保他被举为大汗。而忽必烈抢在他之前就行动了。他率军从武昌北上，在中原的开平上都府（位于今察哈尔和热河之间的多伦诺尔附近）建大本营，早些时候，他只是在这儿建起了他的夏季驻地。1260年6月4日，在此被他的党羽，和他的军队，拥立为大汗。当时的他44岁。
　　按成吉思汗的法律，这次仓卒选举是非正式的、也是不合法的。按传统，库里勒台应该在蒙古召开，会前应召集成吉思汗的四个兀鲁思的代表们出席。阿里不哥在蒙哥为帝时的丞相克烈部聂思托里安、教徒学鲁合的支持下，毫不踌躇地在和林悟取了大汗的称号。在汉地，控制着陕西和四川的蒙军将领们倾向于阿里不哥一边，但忽必烈不久就把这两个省的军队争取到他这一边。忽必烈的副将们在甘州东部（甘肃境内）打败了阿里不哥军，这次胜利巩固了忽必烈在对蒙古统治下的大理、西夏、吐蕃、金国的所有权。忽必烈把他的优势兵力向大蒙古汗国本土推进，他于1260年年底，在和林以南的翁金河畔度冬；而阿里不哥朝叶尼塞河上游撤退。接着忽必烈错误地设想战争已经结束，在和林留下一支普通军队后，回到中国。1261年年底，阿里不哥卷土重来，驱逐了这支驻军，并进军迎战忽必烈。在戈壁边境上打了两仗。第一仗忽必烈获胜，然而；他再次错误地没有追击阿里不哥，10天后打了第二仗，尽管战斗十分激烈，却没有决定性的胜负。
　　站在孛儿只斤.阿里不哥一边的有窝阔台系的领导人、塔尔巴哈台的叶密立地区的统治者海都和察合台宗王阿鲁忽，阿里不哥曾帮助阿鲁忽从其堂兄妻、兀鲁忽乃手中夺得察合台兀鲁思。由于有窝阔台系的支持，阿里不哥的势力与忽必烈的势力相匹敌，直到将近1262年年底，阿鲁忽背弃阿里不哥投靠了忽必烈。这一出人意料的背叛改变了形势。当忽必烈赶走了阿里不哥的人，重新占领和林时，阿里不哥被迫在伊犁河流域与阿鲁忽作战。阿里不哥被两军拑住，最后于1264年投降了忽必烈。忽必烈在扯扯亦坚的劝说下，同时也为了笼络人心，没有杀他，但是，处死阿里不哥的主要支持者，包括聂思托里安教丞相孛鲁合。为谨慎起见，他把阿里不哥作为重要俘虏囚禁起来，直到1266年阿里不哥去世。
　　趁着忽必烈和阿里不哥的内战，西北地区的钦察汗国、察合台汗国、窝阔台汗国纷纷自立，此时尚在西亚进行西征的旭烈兀也准备自帝一方，不论忽必烈还是阿里不哥都只得到一部分宗王支持，没有召开元太祖成吉思汗四子嫡系后裔参加的大忽里台，忽必烈不被广泛承认，于是，忽必烈将大汗在西亚的直辖地（阿姆河以西直到埃及边境）封给旭烈兀换取旭烈兀的支持，旭烈兀建立伊儿汗国（其实旭烈兀留在西亚忽必烈也没办法，但忽必烈给了旭烈兀统治的合法性）。忽必烈将大汗在中亚的直辖地（阿尔泰山以西直到阿姆河的农耕和城郭地区）封给察合台汗阿鲁忽换取阿鲁忽的支持。而钦察汗国早在元定宗贵由和元宪宗蒙哥统治时期已经取得实际上基本独立的地位。因为大蒙古国（蒙古帝国）的分裂，忽必烈实际管辖的政治版图仅止中原地区、东北地区（包括整个黑龙江流域）、吐蕃地区（包括今青海、西藏等地）、蒙古草原全境，西伯利亚南部地区以及今新疆东半部。1264年阿里不哥大汗战败，忽必烈夺得蒙古汗国的最高统治权忽必烈推行的“行汉法”主张，明显违背了蒙古传统，造成许多蒙古贵族的不满，拒绝归附忽必烈汗国，结果导致其他几个蒙古汗国纷纷敌对。这场内战让四大汗国先后脱离，自治独立。
　　又是两年过去，忽必烈用了拉拢和镇压两手，迫使四大汗国承认忽必烈建立的汗国为宗主国。这样忽必烈就成了名副其实的蒙古帝国的皇帝
　　忽必烈将开平，作为称帝建国的基地。但忽必烈已将中原地区作为他的立国基础，开平显然不适合作为国家的都城。于是，忽必烈升开平为上都，作为驻夏的纳钵。又下诏燕京（金中都，金亡后称燕京）改名中都，为建都和创立“大元”帝国，做好准备。
　　且说，宋理宗在艳艳姑娘崩血死亡之后，他几次难过地昏死过去。
　　醒后的理宗连忙吩咐马天骥厚葬艳艳姑娘，而贾似道为了加速理宗的死亡，他让亲信跟踪赵禥和唐安安，而当两人有了动静之时，马天骥便把理宗带到了他（她）们的身旁，理宗的心都碎了，这就是养子，这就是今后的皇帝，自己死后得由他来承继大统。可是，又有什么办法？理宗知道，皇朝大事，不能声张，怕是影响太子的声誉，动摇宋廷的江山。他只能强忍悲痛，偷偷离开。
　　不日，理宗无法动弹，1264年的10月，理宗皇帝因淫荡过度，重病缠身，他下诏遍求名医进宫，诏曰，有能为他治好病的，赐给良田、金银财帛，授以高官厚禄，但无人敢来应征。不久理宗病故，贾似道生怕变故，当即拥立太子赵禥继位，是为度宗。
　　理宗去世，举国哀号，谢道清将理宗遗训让贾似道在朝堂上颂读。遗旨言：“尊谢道清为皇太后，由谢道清垂帘听政，荣王为监国，唐安安驱出临安、削发为尼。”贾似道读完后，呆了片刻，原本想要理宗快点死去，自己可掌握权臣，控制朝野。没有想到还有这样一出。贾似道愤愤不平，坐立不安。谢道清又拿出另外一道遗旨，贾似道接手一看，立刻眉开眼笑，他大声诵读：“奉天承运，皇帝诏曰：拟贾似道为朝野首臣，辅佐赵禥，振兴宋廷。”
　　这个宋理宗，临死的时候还不忘记耍两面手段，搞权力制衡，他知道赵禥是什么货色，他要利用谢道清去牵制贾似道，可又不能急怒贾似道，理宗深深地知道，如今的朝廷需要他，没有了他，赵禥的江山是坐不稳的。