皇太极早就到困兽犹斗的军必会冒死一搏，尤二十一日白，清军打退军二全力突围后。综军大营内的异调动以掌握的军存粮况，皇太极满有信心地对清军众将说“今夜敌必遁”。皇太极为强了塔山、杏山方的兵力署，专截杀军。鉴于军突围仓促，行动刚刚开始即“兵散乱，黑夜难认”能“且战且闯”，慌乱中弓甲大批辎也被弃于遍野。当军突围至尖山、石灰窑一带时，早已枕戈待旦埋伏许久的清军猛骤肆砍杀军，同时清军追兵也从军后方杀来。于欠缺统一指挥和协同配混乱不堪的军难以组织有效抵御，结被早有准备的清军杀大败。军全军溃散尸横遍野，除分脱，大军溃兵被堵后追的清军驱赶至海边。在后队对队的复拥挤下大军官兵被挤入海中，海岸有地势全为清军占据而过拥挤的军又无上岸复战。时值大潮海水滔入海必死无疑，被逼入绝境的广大军将士仍旧现出令人敬佩的民族气节，不愿投降愿蹈海赴死的军官兵达数万众。据朝鲜《沈馆录》记载，拥挤踏海的军将士“视死如归，鲜有乞降。拥荷将，立于海中，伸臂冀蔽，俾不中箭，不失敬礼，死而后已”。《清太宗实录》亦记载，“弥山遍野，自杏山迤南，沿海至塔山一，赴海死不可胜计”，“弃马匹、甲胄以数万计，海中浮尸漂荡多如雁鹜”。
　　随洪承畴出征的诸官将中，辽东总兵王廷臣、东协总兵曹变蛟和辽东巡抚丘民仰没有随众出逃，他们继续留驻松山城。军主帅洪承畴突围不成也退返松山，会同王廷臣、曹变蛟和丘民仰同守孤城。而突围军中除大被清军伏歼踏海覆亡，仍有分以成功逃脱。这中总兵吴桂、王朴逃入杏山城，总兵马科、李辅奔入塔山城，而监军张若麒、马绍愉则海上乘渔舟逃回宁远。经过一夜围追堵截歼灭军主力后，已经稳操胜券的皇太极又于二十二日，率军松山进逼驻营于仅距松山、里处，刚于军炮火射。不免有轻敌大的皇太极认为军已遭创难以再有动作。不二十二日夜，素以“骁勇过人”、“勇冠诸军”著称的东协总兵曹变蛟，率人马兵分两突闯围冲营。曹变蛟冲锋为清军打退，曹变蛟仍不气馁再率兵猛冲竟进袭至皇太极的中军御营，军箭矢一射到皇太极中军大纛上。为保圣驾皇太极的御侍卫们发疯似与军搏杀，随着大批清军蜂拥而至，势孤力穷的军到底还是被打退回。可脱离险境的皇太极仍被惊出一身冷汗急忙将中军后撤里许，随后皇太极龙颜震怒，以“不捍汉兵”的罪名将守卫大营的清军将领斩杀，同时惩处几百名护守不力的官兵。而皇太极不以失为，他继续指挥清军围剿追歼军溃残兵。吴桂、王朴率剩人马逃至杏山后，认为杏山城过小不足据守便再撤至城坚粮足的宁远。皇太极算准了吴桂、王朴定会往宁远逃，遂多铎率兵伏于半途。二十六日，吴桂、王朴行至高桥时再遭清军伏击。清军面杀出将吴、王两军团团围住，时军早已夺气丧胆哪还能是清军对手，后吴桂、王朴二人仅以身免官兵全军覆没。至松锦大战二阶段结束，该阶段军损失惨。据《清太宗实录》记载，不计踏海溺死的数万军，清军阵斩军万千七百八十。十万援锦军中约有将近两万将士退守松山，另有两万溃兵成功逃回宁远，余九万余官兵俱战殁。
　　随着朝援锦大军惨败于松山，朝实上已再无力松锦方施以任何实际救援。朝曾顺巡抚杨绳武、兵侍郎范志完率军赴松山围，可援军尽皆怯战胆寒俱“敛兵不敢出”。任凭洪承畴在松山望穿眼也没见到一个援兵影子，观清军野战获胜后，日益收紧对松山、锦州、杏山城的围困。松锦大战进入阶段，也是后的夺城阶段。
　　于清军夺取了军大批粮草，到资保障的皇太极可以全无顾虑地继续围困松山、锦州、杏山座孤城。城中首要围困目标即是洪承畴据守的松山城，松山城内人多粮少处境万分艰难。连朝自己认为，“米粮有限，主客聚食，月后，恐不可支”，“松山城内，两万士卒，坚守时间，不能久待——非饿死，则杀死”。半年时间里洪承畴先后组织军突围，可松山城被围水泄不军又哪能突出，结被清军无挡了回来。随着时间推移松山城内粮食越来越少，初上至洪承畴众官将下至士卒，每人每尚还能发一碗米腹，到入冬时就能每人发一碗米了。再后来“转饷绝，阖城食尽”城内军能杀马充饥，甚至出现“人皆食”的恐怖景。待至崇祯十年（元1642年）二月，时松山城内军已到了“欲战则力不支，欲守则粮已竭，欲遁又未敢成队而出”的地步。眼人一见便军败局已定，整座松山城完全笼罩在垂死绝望的阴森气氛中。不甘束手待毙的松山副将夏承德遣人密约降清，约定二月二十八日夜应清军登城。在夏承德内应下清军顺地松山南城墙登梯而入，至日清晨，松山城失陷。洪承畴巡抚丘民仰、总兵王廷、曹变蛟，还有祖大寿的堂弟祖大乐俱为夏承德叛军擒获献俘于清军。返回盛京的皇太极况即将洪承畴、祖大乐往盛京，余拒不投降的巡抚丘民仰、总兵曹变蛟、总兵王廷臣官将百余人，连同士兵千余人悉数处斩。献城归降有功叛将夏承德下属共千一百余皆获免死。而后皇太极又下令，将陷落的松山城“毁如地”。
　　夺取松山，清军不仅缴获大军甲胄、军械、火器，以钱财、衣服。还有更为要的一点，松山失陷同样沉打击了锦州、杏山的军士气，剧锦杏二城的孤困势。拿下松山的皇太极立即调兵围困锦州，随着援锦大军惨败于松山以后松山城的失陷。锦州军士气低落斗志瓦，尤经过长围困“城内粮尽，人食，战守计穷”，祖大寿心锦州失陷已势不可免。祖大寿曾在大凌河城亲身经历过“人食”的恐怖景，未免锦州城内生灵再遭地狱般恐怖劫难。在到皇太极亲口承诺，月八日，祖大寿率献锦州城归降，清军于锦州共俘获一万二千百多人，甲胄军械七千二百多，种火器六百多，城中百姓财被清军“收取一空”。对于曾有劣迹科的祖大寿，皇太极真做到不计嫌。耐心待十年的皇太极依对他以礼待，这令祖大寿万分感激从衷心侍清。皇太极没有完全履行他的诺言。占领锦州后，凡不归属祖大寿统辖的军全遭到清军无屠戮。共斩杀副将以下将官十七人，士兵八千余人。以除掉他们不许归降，是这军官兵对朝忠贞不二即长围困也不肯投诚，在皇太极来留着他们恐有后患。在被屠杀的军中还包括数千“丈义不屈”的蒙古族兵。据朝鲜记载，于忌惮这蒙古族兵勇猛善战，清军以宴会为名诓骗他们卸兵器弓箭将驱至野，后清军骑兵以“铁蹄蹂”。可叹这群忠勇无畏的蒙古族兵能赤手空拳与清军铁骑搏杀，后全死在敌人屠刀下。。
　　占领锦州后，连取胜的清军乘势又将攻击矛头指塔山、杏山两座卫城。夺锦不久皇太极就曾多下诏，规劝两城军投降遭到断拒绝。于是月初，皇太极派郑亲王济尔哈朗、睿亲王多尔衮移师出征塔山。需要说同为关宁锦防线要据点，塔山的地置实际要于杏山后侧。松山大战时总兵马科、李辅败将即率残兵奔入塔山，再返还宁远的。清军以先攻塔山目的就是要孤立杏山，为塔山若失，杏山于全面见围彻底成了一颗死棋。当时塔山驻有军七千，清军抵达塔山后于月八日发进攻。据朝鲜《沈阳状启》记载，清军以红衣大炮猛轰塔山城一面，将城墙毁损随即清军蜂拥而入。虽败局已定，军官兵抱必死心自行放火“焚庐舍，一时俱尽”，而后与清军巷战厮杀至后一人，七千军将士全壮烈殉国。塔山城失陷十二后，月二十一日，清军又深陷围的杏山城发进攻，快，济尔哈朗便率军攻占了近城几处墩台。二十二日，清军又用红衣大炮轰毁城垣约二十丈。军守城副将吕奇被吓破胆，率守城七千军不战而降。
　　到为止，这场历时两年关清双方国运的松锦大战，以清军大获全胜、军彻底失败而告终。朝于山海关个要塞，锦州、松山、杏山、塔山城尽没，除一座孤城宁远全被清军攻取，曾经抵挡清朝二十年的关宁锦防线随土崩瓦。就国势衰微内忧患却仍后钱悉数投入战的朝，后共损失精兵约十万，至于军械、粮草更是不可计数，可以说是赔血无归。以致时人谈迁作深刻评论，“九塞精锐，中国粮刍，尽付一掷，竟莫能续御，而庙以墟矣！”朝从元气尽丧，再无力与清军一战。