解决了蔡州的秦宗权，下一个就该徐州的时溥。
　　时溥作为化军节度使，主要管辖徐州、宿州、泗州。时溥认为自己获得黄巢的首级有功，并不服朱温，因此也时常招惹朱温。
　　888年十月的时候，朱温派朱珍带五兵护送楚州刺刘瓒到楚州（淮）上，时溥的军队在路拦截朱珍、刘瓒。
　　两军相遇在丰县边的吴康镇，摆开战场，但徐州兵马却得大败，朱珍接连占领丰县、萧县两座城，时溥撤彭城（徐州）。
　　朱温又让分出一支军队去攻时溥管辖的宿州，宿州刺抵挡不住，开城投降并献出官府印。
　　889年正月，庞师古又移军攻下宿迁县，时溥率领两万军队截击庞师古，庞师古紧急迎战，击败时溥，杀敌两多人，时溥又逃进彭城，闭门不出。
　　朱珍攻占了萧县后，与时溥的军队对峙，朱温准备亲自前往萧县挥。朱珍为迎接朱温的到来，命令手下各军都修建马棚，只有李唐宾的属下将官严郊行动迟缓。
　　朱珍军帐内的官吏为此斥责李唐宾，李唐宾很气愤，直接找朱珍说理，但朱珍认为李唐宾敢如此顶撞自己，简直太无礼了，他竟然拔剑将李唐宾杀了。
　　随后，朱珍派骑兵奏报朱温，谎称李唐宾要图谋叛乱，因而把他杀了。
　　担淮左司马的敬翔，一直服侍在朱温身边，是朱温最的幕僚。敬翔担心朱温因发怒处置不当，难免会引起兵变，就故意延误时间，在夜晚没有及时把这个奏报给朱温看。
　　第二天，朱温得知息，敬翔劝告朱温不要太冲动，而是为了迷惑朱珍，假装同意朱珍的奏报，拘捕李唐宾的妻子和孩子。
　　月，朱温前往萧县，朱珍因心虚而出城三十里迎接，朱温随当场捉拿朱珍，以擅自杀将官之罪要将他处死。
　　霍存等众多将领都为朱珍求情，朱温不答应赦免，将朱珍随处死。随后，朱温命庞师古代替朱珍担都挥使。朱温平时处事也比较诡异多变，部将们很难摸他的实意图。
　　汴州军进攻时溥的营寨，但因为天下大雨，朱温又带领军队返萧县。
　　890年四月，宿州城内的小将张筠发动兵变，驱逐了宿州刺张绍，胁迫军士们投靠时溥，张筠自称刺。朱温派军队前往宿州征讨，杀死一多敌人，张筠退守在城内，坚守不出。
　　时溥向河东晋阳的李克用请求援兵，李克用与朱温是敌人，就派遣石君和带领五骑兵前来增援。
　　徐州的时溥趁机又出兵袭扰砀山县，朱温派长子朱友裕领兵袭击徐州的军队，击败徐州军三多人，还俘虏了沙陀援军石君和等三十人。
　　（这一时，由于李克用不服朝廷管束，朱温极力劝说朝廷攻李克用。唐昭宗听从了大臣们的建议，以宰相张浚为统领，带领几镇联军进攻李克用。朱温既与徐州的时溥对峙，也与郓州的朱瑄、兖州的朱瑾兄弟恶，还与河东的李克用战。唐昭宗命朱温为宣义军节度使，兼河东东面行营招讨使，朱温派大将葛从、庞师古、霍存、丁会、李谠、李重胤、邓季筠等前往潞州、卫州一带，朱温自己也渡过黄河前往河亲征。但最终，朝廷联军因失败而退兵。）
　　从河东失败退兵后，891年八月，朱温派遣大将丁会急攻宿州，宿州刺张筠坚守城池。丁会在宿州东边筑起堤坝，拦截汴河水，水淹宿州城。到了十月，张筠孤立无援，只好投降，宿州朱温的军队平定。
　　徐州次丢失了宿州，人心不。十一月，徐州的大将刘知俊也不满时溥，率二军士前来投降朱温，徐州军加不振。朱温命刘知俊担左右开道挥使。
　　而野心勃勃的朱温引起了边军阀的不满，朱瑄、朱瑾也加入战。891年十二月，兖州的朱瑾领军三万进攻单父县（山东单县），朱温派遣丁会领军袭击，丁会也是勇将，在金乡县与单县的处败朱瑾的军队。朱瑾损失二万余人马，落荒逃走。
　　由于朱瑾的袭扰，892年初，朱温又开始着手进攻朱瑄、朱瑾兄弟，让丁会在兖州的边驱赶其几户姓迁往许州。
　　而朱瑄为增加抵抗朱温的实力，主动与河东节度使李克用结盟。
　　892年二月，朱温准备亲征郓州，派儿子朱友裕带兵行，朱友裕率军驻扎在斗门这个地方。
　　朱温此后率军跟进，到达卫县（河滑县东）。这天，有飞鸟停在树上拼命鸣，副使李璠曰：“朱公，鸟儿鸣，恐怕将有不祥之兆啊。”但朱温不以为然。
　　二月日夜晚，郓州的朱瑄率一万骑兵到斗门袭击朱友裕的营寨，朱友裕避其锋芒，撤军向去了。朱瑄的军队就住进了汴州军的营寨。
　　朱温得知消息儿子袭击，第二天早晨，立率军前往斗门援救，但他不知道朱友裕已经撤走，贸然进入了朱友裕留下的营寨。结果中了郓州军的埋伏，在前面进入营寨的汴州军士都杀死。
　　朱温率军退到鄄（juàn）城县东的瓠河镇，驻扎在村庄里，当时朱瑄还在鄄城县。两天后（二月十二日），朱瑄率军郓州时，趁势冲击朱温的军队，朱温正准备撤退，没太多防备，结果招致大败。幸亏张归厚拼命殿后，朱温拼命奔得以逃脱，但汴州军的节度副使李璠等几将官都在乱战时杀死。