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3051年，距离最终圣战结束已经过了六年，在这六年里，宇宙间没有再发生了战争，光之国的人也过着安宁的生活。
某一天，高影再一次任务中抓到了一个影之国的一个残党，并把它带回了光之国去，经过几次申问后，高影无意中得知了一个关于黑暗势力的惊天阴谋，在得知这个惊天阴谋后的高影本来是要去和自己的哥哥高斯说这件事的，可恰恰相反的是高斯因为一些事情两年前就离开了光之国到现在还没有回来，于是，高影就把这件事告诉给了奥特之父听，奥特之父听完后觉得很惊讶，于是，奥特之父就与高影说了有关于这“X病毒”的一些事情，其实这“X病毒”早在几万年前时期的宇宙里曾经出现过，后来，因为一个科学家研究出了消灭这种“X病毒”的方法，再后来，这种病毒就从此销声匿迹了，之后，宇宙间也就再也没有出现过这种病毒了，高影听了之后觉得很惊讶，没想到几万年前这种病毒就已经出现过了，于是，高影就问奥特之父为什么这种已经消失了几万年的病毒会再次出现呢！奥特之父告诉高影说根据自己的判断黑暗势力很有可能已经研发出这种病毒的变异体，之后，奥特之父决定派遣高影和赛罗、诺斯特以及卡影斯四人一起穿越时空回到几万年前时期的宇宙去阻止黑暗势力研发这种病毒来对付光之国的阴谋，高影将事情汇报给奥特之父后就离开了，离开了奥特之父那里后的高影来到了赛罗他们所在的地方，来到了赛罗他们所在地方的高影告诉赛罗他们奥特之父决定派遣我们回到几万年前时期的宇宙去阻止黑暗势力的阴谋，听完高影这么说的诺斯特问高影要不要等高斯回来后再一起去，高影却告诉他等他哥哥高斯回来再去的话可能就晚了，更何况的是自己都不知道自己的哥哥高斯什么时候回来，赛罗听到高影这么说，于是，就同意与他一起去，见到赛罗都这么说的诺斯特与卡影斯也同意与高影还有赛罗一起穿越时空回到几万年前时期的宇宙去阻止黑暗势力的阴谋。
就这样，高影、赛罗、诺斯特、卡影斯四人受奥特之父的派遣穿越时空回到几万年前时期的宇宙去阻止黑暗势力的阴谋。
另一边，离开光之国两年的高斯奥特曼正在M46星上与亚斯达他们讨论如何对“神影二号”进行进一步改良的事情。